Ano, vyřazení z obchodního majetku je převodem nemovitostí ve smyslu § 13 odst. 4 písm. a) a § 13 odst. 5 zákona o DPH. Jelikož zde uplynuly více než 3 roky od prvního užívání stavby, jde o převod osvobozený ve smyslu § 56 odst. 1 zákona. Lhůta pro úpravu odpočtu daně u nemovitého majetku trvá v současnosti 10 let, avšak v případě odpočtu daně uplatněného u majetku pořízeného před účinností zákona č. 47/2011 Sb. se při úpravě odpočtu daně postupuje podle tehdy platné úpravy, kdy byla lhůta pro úpravu odpočtu daně pětiletá. V uvedeném konkrétním případě se tedy odpočet již neprovede.

Jen teoreticky doplním, že v případě, kdy by bylo nutné úpravu odpočtu provést, se základ daně určí podle ustanovení § 36 odst. 6 písm. a) zákona o DPH, které po plátci v zásadě požaduje použití reprodukční pořizovací ceny. To je však proti dikci Šesté směrnice, která vychází ze zásady neutrality a určité spravedlivosti DPH, kdy nelze po plátci spravedlivě požadovat vrácení vyšší částky DPH, než jakou si sám uplatnil (navíc pokud tento majetek k ekonomické činnosti předtím po určitou dobu využíval). Plátce by tak měl nárok uplatnit přímý účinek Šesté směrnice a prakticky tak použít tu z cen, která je nižší - reprodukční pořizovací cenu anebo účetní zůstatkovou cenu k datu vyřazení nemovitosti z obchodního majetku.